88號文件對此前一些存在疑義的資產損失稅前扣除問題作出了明確規范，有利于納稅人對政策的正確理解、掌握和運用。但是，該文件還有幾個有待明確的問題。
1.對關聯方往來賬款損失認定要求不明。13號令第二十二條第七款強調，與關聯方的往來賬款損失必須經由法院判決或所在地主管稅務機關證明。88號文件沒有這方面的規定條款，關聯方企業之間有可能會利用這一點，做一些不利于稅收的動作。有關部門應該對此制定補救辦法。
2.對股權投資損失稅前扣除沒有限制條件。按照老政策的有關規定，當年稅前扣除的股權投資損失金額不得超過當年實現的股權投資收益和股權轉讓所得，超過部分結轉以后年度扣除。新《企業所得稅法》及實施條例對此沒有規定，只在《國家稅務總局關于印發〈企業所得稅納稅申請表〉的通知》規定的報表填列說明中按老政策作了明確，但后來又在《國家稅務總局關于〈企業所得稅納稅申請表〉的補充通知》中，對這一明確作了刪除。在新《企業所得稅法》下，如何對上述股權投資損失做稅前扣除，財稅〔2009〕57號文件和88號文件都未予以明確。
有稅務專家認為，不應以企業當年實現的股權投資收益和股權轉讓所得彌補股權投資損失，特別是按新稅法規定股權持有期間的投資收益屬于免稅收入，要求企業用免稅收入彌補允許稅前扣除的投資損失，有違合理性原則，侵犯了納稅人的合法權益。政策應該明確為企業2008年及以后年度發生的股權投資損失，經批準后可在發生當年做一次性扣除。
3.資產損失證據及鑒證規定不明確。（1）專業技術鑒定部門是指哪些部門？不同損失內容如存貨、固定資產、在建工程、生產性生物資產等發生損失，應由哪些專業技術鑒定部門出具鑒定報告？（2）具有法定資質的中介機構包括哪些？是否為稅務師事務所、會計師事務所？是否還包括其他機構？（3）資產清償證明應由哪些部門出具？如債務人死亡清償證明是由政府部門出具，還是由家屬出具？再如債務人吊銷清償證明應由哪些部門出具，文件也沒有明確。（4）中介機構經濟鑒證證明是否就是資產損失審核鑒證報告，除法規明確要提供該證據以外，其他損失是否均要出具鑒證報告，需要進一步明確。 |
